Diverses pathologies peuvent affecter les ongles telles que des déformations, traumatismes, des infections de l'ongle, des paronychies, rétronychies, les ongles incarnés. Des altérations unguéales peuvent être observées dans beaucoup de pathologies systémiques et de syndromes génétiques ou résulter de traumatismes.
La plupart des infections des ongles sont d'origine mycosique (onychomycose), mais des infections bactériennes et virales peuvent aussi être observées (p. ex., syndrome des ongles verts [Pseudomonas], panaris herpétique [virus herpes simplex-1]). Même une infestation parasitaire telle que la gale croûteuse peut conduire à des modifications de l'ongle. La paronychie n'est en fait pas une infection de l'ongle mais plutôt des tissus périunguéaux.
Les verrues vulgaires (verrucae vulgaris) sont dues à une infection à papillomavirus humain et touchent fréquemment le pli unguéal proximal et parfois la région sous-unguéale. L'onychophagie (habitude de se ronger les ongles) favorise l'extension de cette infection. Les verrues impliquant ces régions sont particulièrement difficiles à traiter.
Les ongles nécessitent une attention particulière chez la personne âgée et chez le patient diabétique ou atteint d'une maladie vasculaire périphérique; un podologue peut éviter des lésions locales et des infections secondaires en aidant à l'entretien des ongles.