Las infecciones urinarias pueden dividirse en infecciones del tracto superior e inferior:
Las infecciones de las vías superiores afectan los riñones (pielonefritis).
Las infecciones del tracto inferior afectan la vejiga (cistitis), la uretra (uretritis) y la próstata (prostatitis).
Sin embargo, en la práctica, y especialmente en pacientes pediátricos, la diferenciación entre estos los sitios de infección puede ser difícil o imposible. Además, la infección a menudo se disemina de una zona a otra. Aunque la uretritis y la prostatitis son infecciones que afectan al tracto urinario, el término infección urinaria por lo general se utiliza para la pielonefritis y la cistitis.
Las infecciones urinarias bacterianas causan la mayoría de los casos de cistitis y pielonefritis. Los patógenos no bacterianos más comunes son los hongos (generalmente las especies de Candida) y, con menor frecuencia, las micobacterias, los virus y los parásitos. Los patógenos no bacterianos suelen afectar a los pacientes que están inmunocomprometidos; tienen diabetes, obstrucción o anomalías estructurales del tracto urinario; o han tenido una instrumentación reciente del tracto urinario.
A excepción de los adenovirus (implicados en la cistitis hemorrágica), los virus no tienen una contribución importante a la infección urinaria en pacientes inmunocompetentes.
Las principales causas de infecciones urinarias por parásitos son la filariasis, la tricomoniasis, la leishmaniasis, la malaria y la esquistosomiasis. Entre las enfermedades parasitarias, solo la tricomoniasis es común en los Estados Unidos, generalmente como infección de transmisión sexual.
La uretritis suele deberse a una infección de transmisión sexual. La prostatitis suele estar causada por una bacteria, y a veces es el resultado de una infección de transmisión sexual.