Les bactéries peuvent être classées selon leur besoin et leur tolérance à l'oxygène:
Facultatives: qui se développent sous forme aérobie et anaérobie en présence ou en l'absence d'oxygène
Microaérophiles: exigent une faible concentration d'oxygène (habituellement de 2 à 10%) et, pour beaucoup, une concentration élevée de dioxyde de carbone (p. ex., 10%); poussent très mal en anaérobiose
Anaérobies obligatoires: sont incapables de métabolisme aérobie mais sont variablement tolérants à l'oxygène
Les bactéries anaérobies se multiplient sur des sites à faible potentiel d'oxydoréduction (p. ex., tissus nécrotiques dévascularisés). L'oxygène est toxique pour elles. Les anaérobies obligatoires ont été classés en fonction de leur tolérance à l'oxygène:
Stricts: ils ne tolèrent que ≤ 0,5% d'oxygène
Modérés: ils tolèrent 2 à 8% d'oxygène
Anaérobies aérotolérants: ils tolèrent l'oxygène atmosphérique sur une durée limitée
Les bactéries anaérobies strictes qui causent généralement les infections peuvent tolérer l'oxygène atmosphérique pendant au moins 8 heures et souvent jusqu'à 72 heures.
Les bactéries anaérobies sont des composantes majeures de la microflore normale des muqueuses, en particulier de la bouche (gingivale, dentaire et pharyngée), des voies digestives basses et du vagin; ces anaérobies provoquent une maladie quand les barrières muqueuses sont détruites.
Les bactéries anaérobies à Gram négatif et certaines infections qu'elles provoquent comprennent
Bacteroides (le plus fréquent): infections intra-abdominales
Fusobacterium: abcès, infections cutanées, pulmonaires et intracrâniennes
Porphyromonas: par inhalation et parodontite
Prevotella: infections intra-abdominales, dentaires, gynécologiques et des tissus mous
Les bactéries anaérobies à Gram positif et certaines infections qu'elles provoquent comprennent
Actinomyces: infections de la tête, du cou, osseuses, abdominales et pelviennes et pneumonie par inhalation (actinomycose)
Clostridia: infections intra-abdominales (p. ex., entérite clostridiale nécrosante), infections des tissus mous, et gangrène gazeuse à C. perfringens; toxi-infection alimentaire à C. perfringens type A; botulisme et botulisme infantile dus à C. botulinum; tétanos dû à C. tetani; et la colite et la diarrhée induite par Clostridioides (anciennement, Clostridium) difficile (colite pseudomembraneuse)
Peptostreptococcus et Finegoldia (précédemment nommé Peptostreptococcus magnus): infections orales, respiratoires, osseuses et articulaires, des tissus mous et intra-abdominaux
Cutibacterium (précédemment Propionibacterium): infections sur corps étranger (p. ex., sur shunt de dérivation du liquide céphalorachidien, sur prothèses articulaires ou sur dispositifs cardiaques); acné vulgaire
Les infections à anaérobies sont habituellement suppuratives, entraînant la formation d'abcès et une nécrose tissulaire et parfois une thrombophlébite septique et/ou la formation de gaz. De nombreux anaérobies produisent des enzymes destructrices des tissus, ainsi que certaines des toxines paralytiques les plus puissantes connues (p. ex., neurotoxines de C. botulinum et C. tetani).
Habituellement, plusieurs espèces d'anaérobies sont présentes dans les tissus infectés; des aérobies sont souvent également présents (infections anaérobies mixtes).
Les signes en faveur d'une infection à anaérobies sont
Flore polymicrobienne à la coloration de Gram ou en culture
Les bactéries sont visibles avec la coloration de Gram, mais les cultures aérobies sont stériles
Gaz dans le pus ou les tissus infectés
Odeur nauséabonde du pus ou des tissus infectés
Tissus nécrotiques infectés
Site de l'infection à proximité de la muqueuse où la microflore anaérobie réside habituellement
Examens complémentaires
Les prélèvements pour culture anaérobie doivent être obtenus par aspiration ou par biopsie à partir de sites normalement stériles. Le transport au laboratoire doit être rapide et le conditionnement doit procurer une atmosphère sans oxygène comportant du dioxyde de carbone, de l'hydrogène et de l'azote. Les écouvillons doivent être transportés dans un milieu semi-solide stérilisé en anaérobiose, tel que le milieu de transport Cary-Blair anaérobie pré-réduit.