Una vez que se ha aislado un microorganismo en un cultivo, debe identificárselo. La identificación es importante para determinar el tratamiento (p. ej., tratamiento farmacológico, medidas de aislamiento). Los métodos de identificación no basados en los ácidos nucleicos utilizan características fenotípicas (funcionales o morfológicas) en lugar de la identificación genética.
Las características del crecimiento de un microorganismo en un medio de cultivo, como el tamaño de las colonias, su color y su forma, brindan indicios de la identidad de la especie y, en combinación con la tinción de Gram, dirigen las pruebas posteriores.
Existen numerosas pruebas bioquímicas disponibles; cada una se aplica a los microorganismos de un determinado tipo (p. ej., a las bacterias aerobias o anaerobias). Algunas evalúan la capacidad del microorganismo de utilizar distintos sustratos para su desarrollo. Otras observan la presencia o la actividad de enzimas clave (p. ej., la coagulasa o la catalasa). Las pruebas se realizan en un orden secuencial, y los resultados obtenidos en cada una determinan cuál otra se realizará a continuación. Las secuencias de las pruebas son muchísimas, y pueden diferir entre distintos laboratorios.
Las pruebas de identificación no basadas en los ácidos nucleicos pueden incluir
Métodos manuales
Sistemas automatizados
Métodos cromatográficos
Espectroscopia de masa
Algunos equipos de reactivos disponibles en el mercado contienen una batería de pruebas individuales que pueden realizarse en forma simultánea a un mismo inóculo de microorganismos y que pueden ser útiles para un espectro más amplio de microorganismos. Los sistemas de pruebas múltiples pueden ser muy exactos, pero pueden requerir varios días para obtener un resultado.
Métodos cromatográficos
Los componentes del microorganismo o sus productos pueden separarse e identificarse utilizando cromatografía líquida de alto rendimiento (HPLC) o cromatografía gaseosa. Por lo general, la identificación se logra mediante la comparación de los ácidos grasos del microorganismo con una base de datos.
Los métodos cromatográficos pueden usarse para identificar bacterias aerobias y anaerobias, micobacterias y hongos. La precisión de las pruebas depende de las condiciones utilizadas para el cultivo de la muestra y de la calidad de la base de datos, que puede ser poco exacta o incompleta.
Espectroscopia de masa
La espectrometría de masa puede detectar diversas proteínas de diferentes masas en una muestra. Los patógenos específicos tienen proteínas únicas, y a veces puede usarse la masa relativa y la abundancia de cada proteína para identificar a un microorganismo. La espectroscopia de masas es una de una serie de tecnologías innovadoras que están siendo o han sido desarrollados para la detección e identificación de agentes de guerra biológica y bioterrorismo. Sin embargo, este método es limitado, ya que, a diferencia de algunos de los métodos basados en ácidos nucleicos, no es fácilmente aplicable en el campo.
Actualmente, se usa una forma de espectrometría de masa llamada MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight) para identificar bacterias (incluyendo micobacterias), levaduras, mohos y potencialmente virus. La ventaja de este método es que los microorganismos pueden ser identificados en < 1 h; los métodos tradicionales pueden requerir de 24 a 48 horas.
