Les bacilles Gram négatifs sont responsables de nombreuses pathologies. Certains sont des microrganismes commensaux présents dans la flore intestinale normale. Ces microrganismes commensaux ainsi que d'autres provenant de réservoirs animaux ou environnementaux peuvent devenir pathogènes.
La diarrhée, la péritonite et les infections des voies urinaires, gastro-intestinales, des voies biliaires et de la circulation sanguine sont souvent causées par des bacilles Gram négatifs.
Les bactéries Gram-négatives provoquent la peste, le choléra, et la fièvre typhoïde. Ces infections sont rares aux États-Unis, mais sont plus fréquentes dans les régions du monde qui ont un mauvais système d'assainissement et/ou d'approvisionnement en eau et des aliments. Ces infections peuvent être graves.
