Les antibiogrammes permettent de déterminer la sensibilité d'un microrganisme en mettant en présence une concentration standard du germe et des concentrations spécifiques d'antibiotiques. Les antibiogrammes peuvent être effectués dans le cas des bactéries, des champignons et des virus. Dans le cas de certains microrganismes, les résultats obtenus pour un médicament laissent présumer de la sensibilité aux produits de même catégorie. Ainsi, tous les médicaments potentiellement utilisables ne sont pas testés.
Les antibiogrammes sont réalisés in vitro et peuvent ne pas tenir compte de nombreux facteurs qui influencent les résultats du traitement in vivo (p. ex., pharmacodynamique et pharmacocinétique, concentrations variables du médicament selon les tissus, état immunitaire de l'hôte, immunité locale spécifique de l'hôte). Ainsi, les résultats des antibiogrammes ne permettent pas toujours de prévoir l'efficacité réelle du traitement.
Les antibiogrammes peuvent être qualitatifs, semi-quantitatifs ou utiliser des techniques de biologie moléculaire. On peut également déterminer l'efficacité d'une association d'antimicrobiens (tests de synergie).
Méthodes qualitatives
Les méthodes qualitatives sont moins précises que les méthodes quantitatives. Les résultats sont généralement rapportés comme l'un des suivants:
Sensible (S)
Intermédiaire (I)
Résistant (R)
Certaines souches n'ayant pas de critères de résistance établis peuvent être signalées seulement comme sensibles ou non sensibles. Définir quelles sont les concentrations de médicaments spécifiques correspondant à S, I, et R dépend de plusieurs facteurs, en particulier de données pharmacocinétiques, pharmacodynamiques, cliniques, et microbiologiques.
La méthode des disques, couramment utilisée (également connue sous le nom de test de Kirby-Bauer) est indiquée pour les microrganismes à croissance rapide. Elle consiste à placer des disques imprégnés d'antibiotiques sur des plaques de gélose ensemencées avec le microrganisme à tester. Après incubation (en général 16 à 18 heures), le diamètre de la zone d'inhibition autour de chaque disque est mesuré. Chaque association d'un microrganisme avec un antibiotique produit un diamètre particulier se traduisant par S, I ou R.
Méthodes semi-quantitatives
Les méthodes semi-quantitatives permettent de déterminer in vitro la concentration minimale inhibitrice d'un médicament vis-à-vis d'un microrganisme particulier. Cette concentration minimale inhibitrice (CMI) est présentée sous forme d'une valeur numérique qui peut ensuite être traduite en 1 de 4 regroupements: S (sensibles), I (intermédiaires) ou R (résistants) ou parfois non sensibles. La détermination de la CMI est utilisée principalement pour les bactéries, y compris les mycobactéries et les anaérobies, mais parfois également pour des champignons en particulier Candida spp.
La concentration minimale bactéricide (CMB) peut également être déterminée, mais est techniquement difficile et aucune norme d'interprétation n'a été validée. La valeur de la concentration minimale bactéricide indique si un médicament peut être bactériostatique ou bactéricide.
L'antibiotique peut être incorporé en gélose ou en milieu liquide, qui sont ensuite ensemencés avec le microrganisme. La technique en bouillon est l'examen de référence, mais elle est laborieuse, car une seule concentration du médicament peut être testée par tube. Une méthode plus efficace utilise une bande de film de polyester imprégnée d'antibiotiques avec un gradient de concentration tout au long de sa longueur. La bandelette est appliquée sur la plaque de gélose ensemencée et la CMI est déterminée par l'endroit où débute l'inhibition sur la bandelette; plusieurs antibiotiques peuvent être testés sur une même plaque.
La CMI permet d'établir une corrélation entre la sensibilité au médicament du microrganisme et la concentration tissulaire possible du médicament non lié aux protéines (c'est-à-dire, médicament libre). Si la concentration tissulaire du médicament libre est supérieure à la CMI, le traitement sera probablement efficace. Les désignations S, I, et R tirées de l'étude des CMI sont généralement corrélées avec les concentrations de médicament libre sériques, plasmatiques ou urinaires réalisables.
Tests basés sur les acides nucléiques
Ces tests utilisent des méthodes basées sur les acides nucléiques semblables à celles utilisées pour identifier les microrganismes mais modifiées pour détecter des gènes ou des mutations de résistance connus. Un exemple en est mecA, un gène de résistance à l'oxacilline de S. aureus; si ce gène est présent, le microrganisme est considéré comme résistant à la plupart des beta-lactamines quels que soient les résultats de l'antibiogramme. Cependant, bien qu'un grand nombre de ces gènes soient connus, leur présence ne confère pas nécessairement au microrganisme une résistance in vivo. En outre, comme de nouvelles mutations ou d'autres gènes de résistance peuvent être présents, leur absence ne garantit pas non plus la sensibilité au médicament. Pour toutes ces raisons, les méthodes des tests de sensibilité phénotypiques de routine demeurent l'approche standard d'évaluation de la sensibilité des bactéries et des champignons aux médicaments antimicrobiens.
Cependant, les méthodes basées sur les acides nucléiques sont préférées pour ce qui suit
Diagnostic rapide de tuberculose multirésistante dans les groupes à risque
Détection rapide de la résistance possible des microrganismes directement obtenue à partir d'hémocultures positives
