Introduction au diagnostic biologique des maladies infectieuses

Les examens biologiques permettent d'identifier les microrganismes de façon directe (p. ex., examen macroscopique, microscopique, mises en culture) ou indirectement (p. ex., par recherche d'anticorps spécifiques d'un microrganisme). Les principaux types de tests comprennent les suivants

• Microscopie

• Culture

• Tests immunologiques (tests d'agglutination comme l'agglutination au latex, les dosages immunoenzymatiques, Western Blot, techniques de précipitation et réactions de fixation du complément)

• Méthodes génotypiques d'identification basées sur les acides nucléiques (p. ex., réaction en chaîne par polymérase [PCR])

• Méthodes d'identification phénotypiques non basées sur les acides nucléiques (p. ex., tests sérologiques, spectrométrie de masse [MALDI-TOF MS], spectrométrie de résonance magnétique nucléaire [RMN])

La culture est généralement l'examen de référence pour l'identification des microrganismes, mais les résultats peuvent nécessiter plusieurs jours ou semaines pour revenir et les microrganismes pathogènes ne poussent pas toujours en culture, d'où l'intérêt des autres examens. Lorsqu'un germe pathogène est cultivé et identifié, le laboratoire peut également tester sa sensibilité aux agents antimicrobiens. L'introduction de tests diagnostiques rapides génotypiques et phénotypiques a permis une approche plus rapide et ciblée du traitement antimicrobien. Parfois, des méthodes moléculaires peuvent être utilisées pour détecter des gènes de résistance spécifiques.

Certains tests (p. ex., coloration de Gram, culture aérobie standard) permettent de détecter une grande variété de microrganismes pathogènes et sont réalisés de façon systématique en cas de suspicion de pathologie infectieuse. Cependant, certains agents pathogènes n'étant pas identifiés par ces tests, les médecins doivent être conscients des limites de ces tests pour chaque bactérie suspectée. Dans de tels cas, il faut demander des tests spécifiques de l'agent pathogène suspecté (p. ex., colorations ou milieux de culture spéciaux) ou informer le laboratoire du ou des microrganismes suspectés afin qu'il puisse choisir des tests plus spécifiques (1).