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Il existe plus de 200 maladies qui impliquent le tissu conjonctif. Certaines maladies sont caractérisées par une hyperactivité du système immunitaire entraînant une inflammation des tissus et des lésions systémiques (p. ex., lupus érythémateux disséminé et arthrite juvénile idiopathique, [anciennement appelée polyarthrite rhumatoïde juvénile). D'autres maladies sont liées à des anomalies métaboliques ou structurelles du tissu conjonctif. Certaines sont héréditaires, certaines sont de cause inconnue.
Les troubles spécifiques traités ici comprennent
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