Les personnes en bonne santé vivent en harmonie avec la plupart des micro-organismes qui se fixent sur ou dans (colonisent) les sites non stériles du corps, comme la peau, le nez, la bouche, la gorge, le gros intestin et le vagin. Les micro-organismes qui colonisent habituellement un site particulier du corps humain sont appelés la flore résidente. La flore résidente est composée de 10 fois plus de cellules que le corps humain lui-même. Les micro-organismes qui colonisent l’hôte pendant quelques heures ou quelques semaines mais qui ne s’y établissent pas de façon permanente sont appelés la flore transitoire.
La flore résidente de chacun des sites du corps humain est formée de différents types de micro-organismes. Certains sites sont normalement colonisés par plusieurs centaines de types différents de micro-organismes. Les facteurs environnementaux, tels qu’un régime alimentaire, la prise d’antibiotiques, les conditions sanitaires, la pollution atmosphérique ou les habitudes d’hygiène, influencent le type des espèces formant la flore résidente d’une personne donnée. Lorsque la flore résidente est perturbée de façon transitoire (par exemple, suite à un lavage de la peau ou à l’utilisation d’antibiotiques), elle se régénère généralement très rapidement.
Plutôt que de provoquer des maladies, la flore résidente protège souvent l’organisme contre les germes pathogènes. Cependant, dans certaines conditions, les micro-organismes qui font partie de la flore résidente peuvent provoquer une maladie. Ces situations incluent :
Prise d’antibiotiques
Lésion ou chirurgie
Système immunitaire affaibli (comme chez les personnes qui présentent une infection par le VIH ou un cancer et en cas de traitement par des corticoïdes ou par chimiothérapie anticancéreuse).
Lorsque des antibiotiques utilisés pour traiter une infection tuent une grande proportion de certains types de bactéries constituant la flore résidente, d’autres bactéries de la flore résidente ou des champignons peuvent se développer de façon anarchique. Par exemple, si une femme est traitée par des antibiotiques pour une infection de la vessie, les antibiotiques tuent certaines bactéries de la flore résidente, permettant la multiplication des levures au niveau vaginal responsables de l’apparition d’une mycose vaginale.
Une lésion ou, parfois, une chirurgie peuvent permettre à la flore résidente de pénétrer dans des zones qui ne sont pas censées accueillir des bactéries et causer une infection. Par exemple, une incision sur la peau peut laisser la flore cutanée résidente provoquer une infection sous la peau. La chirurgie du côlon permet parfois à la flore résidente de l’intestin de se déverser dans des zones stériles de l’abdomen, ce qui provoque une infection très grave.
(Voir aussi Présentation des maladies infectieuses.)
