Les champignons sont des microrganismes eucaryotes qui existent sous forme de levures et/ou de moisissures. Les levures sont constituées de cellules solitaires qui se reproduisent par bourgeonnement. Les moisissures se présentent sous forme de filaments, également connus sous le nom d'hyphes, qui s'étendent par allongement apical. Les champignons dimorphiques se développent sous forme de moisissures dans l'environnement et sous forme de cellules de levure ou de sphérules (cellules ressemblant à des sacs qui sont la forme reproductrice du champignon) in vivo.
Les infections mycosiques sont souvent classées comme
Primitives
Opportunistes
Des infections primitives peuvent se développer chez des hôtes immunocompétents.
Les infections opportunistes sont celles qui se développent principalement chez les sujets immunodéprimés.
Les infections fongiques peuvent être
Local
Systémiques
Les infections mycosiques locales concernent habituellement la peau (voir Infections mycosiques cutanées), ou la cavité orale (causant une stomatite) et/ou le vagin (causant une vaginite à Candida) et peuvent survenir chez des patients immunocompétents ou immunodéprimés.
Les infections fongiques systémiques peuvent affecter la peau et les organes tels que les poumons, les yeux, le foie et le cerveau et se produisent généralement chez les hôtes immunodéprimés (voir Infections opportunistes fongiques).
(Voir aussi Médicaments antifongiques.)
Infections mycosiques primitives
Les infections mycosiques primitives résultent habituellement d'une inhalation de spores mycosiques, ce qui peut entraîner une pneumonie localisée comme une manifestation primitive de l'infection.
Chez les patients immunocompétents, les mycoses systémiques ont habituellement une évolution chronique; la dissémination est rare et, si des lésions pulmonaires se développent, elles progressent habituellement lentement. Des mois ou des années peuvent s'écouler avant qu'un avis médical ne soit demandé ou qu'un diagnostic ne soit posé. Les symptômes sont rarement intenses dans ces mycoses chroniques, mais une fièvre, les frissons, des sueurs nocturnes, une anorexie, une perte de poids, un malaise et une dépression peuvent se produire. Divers organes peuvent être infectés, entraînant des symptômes et un dysfonctionnement.
Les infections mycosiques primitives peuvent avoir une répartition géographique spécifique, ce qui est particulièrement vrai pour les mycoses endémiques dues à certains champignons dimorphiques. Par exemple,
Coccidioïdomycose: confinée principalement, aux États-Unis, dans la région du sud-ouest et de l'État de Washington, ainsi qu'au nord du Mexique et en Amérique centrale et du Sud
Histoplasmose: observée essentiellement dans l'Est et le Centre Ouest des États-Unis (Midwest) et des parties d'Amérique centrale et du Sud, d'Afrique, d'Asie et d'Australie
Blastomycose: n'est observée qu'en Amérique du Nord et en Afrique
Paracoccidioïdomycose: limitée à l'Amérique du Sud
Cependant, la latence de la transmission à l'infection est variable et les symptômes peuvent se développer après le retour des voyageurs des régions d'endémies.
Lorsque des champignons se propagent à partir d'un site primaire dans les poumons, les manifestations peuvent être les caractéristiques suivantes:
Cryptococcose: habituellement, méningite chronique
Histoplasmose disséminée évolutive: une atteinte généralisée du système réticulo-endothélial (foie, rate, moelle osseuse)
Blastomycose: lésions cutanées uniques ou multiples ou atteinte de la prostate
Coccidioïdomycose: infections ostéoarticulaires, lésions de la peau, et méningite
Infections mycosiques opportunistes
Beaucoup de champignons microscopiques sont opportunistes et ne sont habituellement pas pathogènes sauf chez le patient immunodéprimé. Les causes de déficit immunitaire comprennent le SIDA, l'azotémie, le diabète sucré, le lymphome, la leucémie, d'autres hémopathies malignes, les brûlures et les traitements corticostéroïdiens, les immunosuppresseurs ou les antimétabolites. Les patients qui passent plusieurs jours en unité de soins intensifs peuvent avoir un déficit immunitaire du fait de procédures médicales (p. ex., cathéters veineux centraux, chirurgie majeure), de troubles sous-jacents et/ou de dénutrition.
Les exemples d'infections opportunistes mycosiques systémiques typiques (mycoses) comprennent les suivants
Mucormycose (zygomycose)
Fusariose
Les mycoses systémiques qui touchent le patient très immunodéprimé se présentent souvent de manière aiguë, avec une pneumonie rapidement évolutive, une fongémie, des signes de dissémination extra-pulmonaire.
Diagnostic des infections mycosiques
Cultures et colorations
Histopathologie
Tests sérologiques (principalement pour Aspergillus, Blastomyces, Candida, Coccidioides, Cryptococcus, et Histoplasma)
Diagnostic moléculaire
Si les médecins suspectent une infection mycosique primitive aiguë ou chronique, ils doivent obtenir des antécédents détaillés sur les voyages et les habitations afin de déterminer si les patients ont pu être exposés à certaines mycoses endémiques, même si l'exposition a eu lieu des années auparavant.
L'infection pulmonaire fongique doit être différenciée des tumeurs et des pneumonies chroniques dues à des microrganismes non mycosiques tels que les mycobactéries (dont Mycobacterium tuberculosis). Des prélèvements sont mis en culture pour la recherche de champignons et des mycobactéries et en anatomopathologie. Les prélèvements d'expectoration peuvent être suffisants, mais parfois un lavage bronchoalvéolaire, une biopsie transthoracique à l'aiguille ou même une intervention chirurgicale peuvent être nécessaires pour obtenir un prélèvement acceptable.
Les champignons responsables d'infections systémiques primitives peuvent être reconnus par leur aspect histopathologique. L'identification du champignon spécifique peut cependant être difficile et nécessite habituellement une culture sur milieu fongique ou le diagnostic moléculaire.
L'interprétation clinique d'une culture positive de l'expectoration n'est pas simple si elle ne met en évidence que des microrganismes commensaux (p. ex., Candida albicans) ou des champignons ubiquitaires de l'environnement (p. ex., Aspergillus spp). Par conséquent, d'autres éléments (p. ex., facteurs de l'hôte tels qu'une immunosuppression, des informations sérologiques, une invasion tissulaire observée à la biopsie ou des signes radiologiques) peuvent être nécessaires pour établir un diagnostic.
Les tests sérologiques permettent d'évaluer de nombreuses mycoses systémiques si la culture et l'histopathologie ne sont pas disponibles ou sont non probantes, bien que peu d'entre elle fournissent des diagnostics définitifs. En particulier, les examens suivants sont utiles:
Mesure des antigènes spécifiques du microrganisme, notamment à partir de Cryptococcus neoformans, Histoplasma capsulatum, et Aspergillus spp (une réactivité croisée occasionnelle avec d'autres champignons a été observée avec chacun de ces tests sérologiques)
Le (1,3)bêta-D-glucane sérique, souvent positif dans la candidose et l'aspergillose invasives ainsi que dans les infections à Pneumocystis jirovecii
Tests de fixation du complément et d'immunodiffusion pour les mycoses endémiques (histoplasmose, blastomycose, coccidioïdomycose)
La plupart des autres examens permettant de déceler des anticorps contre les champignons ont une sensibilité et/ou une spécificité faibles et nécessitent de mesurer les titres en phase aiguë et en phase de convalescence, ils ne peuvent donc être utilisés pour débuter un traitement.
Les diagnostics moléculaires sont des outils utiles pour identifier les composants moléculaires de certaines infections fongiques. Des sondes ADN destinés à des prélèvements de culture pour identifier Histoplasma, Blastomyces, et Coccidioides et une Polymerase Chain Reaction (PCR) ou des tests d'hybridation de l'ADN destinés à des hémocultures pour identifier Candida sont disponibles. La Matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry, est une spectrométrie de masse effectuée sur des prélèvements de culture qui peut également être effectuée pour identifier de multiples levures, dont Candida spp. T2Candida est une plate-forme non basée sur la culture qui utilise la technologie de résonance magnétique pour détecter directement l'ADN de Candida dans le sang total et peut être utilisé pour le diagnostic rapide de candidémie. Le séquençage de nouvelle génération de l'ADN microbien acellulaire est une technologie émergente de détection d'un large éventail de pathogènes fongiques et microbiens dans le sang.
