Les bactéries sont des microrganismes qui ont un ADN double brin circulaire (sauf pour Streptomyces spp) et des parois cellulaires (sauf pour les mycoplasmes). La plupart des bactéries sont extracellulaires, mais certaines résident et se répliquent préférentiellement en intracellulaire.
Les agents pathogènes intracellulaires obligatoires sont capables de se développer, de se reproduire et de provoquer une maladie uniquement dans les cellules de l'hôte. Des exemples de ces agents pathogènes comprennent les chlamydias et les rickettsies.
Les pathogènes intracellulaires facultatifs peuvent vivre et se reproduire à l'intérieur ou à l'extérieur des cellules hôtes. Des exemples de ces agents pathogènes comprennent Salmonella typhi, Brucella spp, Francisella tularensis, Neisseria gonorrhoeae, N. meningitidis, Legionella et Listeria spp, et Mycobacterium tuberculosis.
De nombreuses bactéries sont présentes chez l'homme dans le microbiote normal, souvent en grand nombre et dans de nombreuses zones (p. ex., dans le tractus gastro-intestinal et la peau). Seules quelques espèces bactériennes sont pathogènes pour l'homme.
Les bactéries sont classées selon les critères suivants (voir aussi tableau Classification des bactéries pathogènes connues):
Morphologie
Coloration
Encapsulation
Besoins en oxygène
Morphologie
Les bactéries peuvent être
Cylindriques (bacilles)
Sphériques (coques)
Spirales (spirochètes)
Quelques espèces de cocci, de nombreux bacilles et la plupart des spirochètes sont mobiles.
Coloration
La coloration de Gram est la plus utilisée pour l'identification générale des bactéries. Les bactéries à Gram positif captent le colorant cristal violet (d'aspect bleu foncé) après fixation à l'iode, décoloration à l'alcool et contre-coloration à la safranine; les bactéries à Gram négatif, qui ne captent pas le cristal violet, apparaissent de couleur rouge. Les bactéries à Gram négatif ont une membrane extérieure supplémentaire contenant des lipopolysaccharides (endotoxine) qui augmentent la virulence et l'antibiorésistance de ces bactéries. (Concernant les autres facteurs qui favorisent la pathogénicité bactérienne, voir Facteurs favorisant l'envahissement microbien.)
La coloration de Ziehl-Neelsen et de Kinyoun (acido-résistante) est utilisée pour détecter les mycobactéries, en particulier M. tuberculosis. Elles peuvent également identifier les bacilles Gram positifs Nocardia et les protozoaires Cryptosporidies, Cyclospora, et Cystoisospora. La carbolfuchsine est appliquée, suivie d'une décoloration à l'acide chlorhydrique et à l'éthanol et une contre-coloration au bleu de méthylène.
Les colorations par fluorochrome (p. ex., auramine-rhodamine) identifient également les microrganismes acido-résistants, mais un microscope spécial à fluorescence est nécessaire.
(Voir aussi Microscopie.)
Encapsulation
Certaines bactéries sont enfermées dans des capsules; pour certaines bactéries encapsulées (p. ex., Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae), la capsule les protège en cas d'ingestion par les phagocytes. L'encapsulation augmente la virulence bactérienne.
Besoins en oxygène
Les bactéries aérobies (aérobies obligatoires) nécessitent de l'oxygène pour produire de l'énergie et garantir leur croissance. Elles produisent de l'énergie par respiration cellulaire aérobie.
Les bactéries anaérobies (anaérobies strictes) ne nécessitent pas d'oxygène et ne poussent pas en culture, en présence d'air. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie. Les bactéries anaérobies sont fréquentes dans le tractus gastro-intestinal, le vagin, les crevasses dentaires et les plaies chroniques en cas d'insuffisance circulatoire.
Les bactéries facultatives peuvent se développer en présence ou sans oxygène. Elles produisent de l'énergie par fermentation ou par respiration anaérobie en l'absence d'oxygène et par respiration cellulaire aérobie en présence d'oxygène. Les bactéries microaérophiles préfèrent un taux réduit d'oxygène (p. ex., 2 à 10%).
Les bactéries microaérophiles peuvent se développer dans des environnements dans lesquels l'oxygène est peu présent. Des exemples comprennent les espèces de Campylobacter et Helicobacter pylori.
Les parasites intracellulaires obligatoires, tels que les chlamydiae, captent l'énergie de la cellule hôte et ne la produisent pas eux-mêmes.
Classification des bactéries pathogènes connues
Type | Bactéries |
|---|---|
Aérobie obligatoire | |
Cocci à Gram négatif | |
Bacilles à Gram positif | Corynebacterium jeikeium |
Bacilles acido-résistants | Mycobacterium avium complex, M. kansasii, M. leprae, M. tuberculosis Nocardia spp |
Bacilles Gram négatifs non fermentaires, non-Enterobacterales (anciennement Enterobacteriaceae) | Acinetobacter calcoaceticus Elizabethkingia meningoseptica (auparavant Flavobacterium meningosepticum) Pseudomonas aeruginosa,* P. alcaligenes, autres Pseudomonas spp Stenotrophomonas maltophilia |
Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif | Bordetella spp Francisella spp Legionella spp |
Leptospiraceae (bactéries spiralées) | |
Anaérobie obligatoire | |
Bacteroides fragilis, autres Bacteroides spp Fusobacterium spp Prevotella spp | |
Cocci à Gram négatif | Veillonella spp |
Cocci Gram positifs | Peptococcus niger |
Bacilles Gram positifs non sporulants | Actinomyces spp Bifidobacterium spp Eubacterium spp Cutibacterium (anciennement Propionibacterium) spp |
Bacilles Gram positifs sporulants | Clostridium botulinum, C. perfringens, C. tetani, autres Clostridium spp |
Anaérobies facultatifs | |
Cocci à Gram positif, | Staphylococcus aureus catalases-positifs (coagulases positifs), S. epidermidis (coagulase négatifs), autres staphylocoques coagulases négatifs |
Cocci à Gram positif, catalases-négatifs | Enterococcus faecalis, E. faecium Streptococcus agalactiae (group B streptococcus), S. bovis, S. pneumoniae, S. pyogenes (Streptococcus du groupe A), viridans group streptococci (S. mutans, S. mitis, S. salivarius, S. sanguis), groupe S. anginosus (S. anginosus, S. milleri, S. constellatus) Gemella morbillorum |
Bacilles à Gram positif | Erysipelothrix rhusiopathiae Gardnerella vaginalis (gram-variable) |
Enterobacterales (Citrobacter spp, Enterobacter spp, Escherichia coli, Klebsiella spp, Morganella morganii, Proteus spp, Plesiomonas shigelloides, Providencia rettgeri, Salmonella typhi, autres Salmonella spp, Serratia marcescens, Shigella spp, Yersinia enterocolitica, Y. pestis) | |
Fermentaires, non Enterobacterales | Aeromonas hydrophila Chromobacterium violaceum Pasteurella multocida |
Coccobacilles et bacilles exigeants, Gram négatif | Aggregatibacter (anciennement Actinobacillus) actinomycetemcomitans Eikenella corrodens Haemophilus influenzae, autres Haemophilus spp |
Microaérophiles | |
Bacilles incurvés | Campylobacter jejuni Vibrio cholerae, V. vulnificus |
Spirochaetaceae (bactéries spiralées) | |
Parasite intracellulaire obligatoire | |
Chlamydiaceae | Chlamydia trachomatis, C. psittaci, Chlamydophila pneumoniae |
Coxiellaceae | |
Rickettsia prowazekii, R. rickettsii, R. typhi Anaplasma phagocytophilum | |
* Bien que généralement considérées comme des aérobies obligatoires, ces bactéries peuvent se développer en l'absence d'oxygène en utilisant le nitrite comme alternative d'accepteur d'électrons. | |
